|
| |
|
|
Studium polymorfizmu DNA mrkve
Sejbalová, Darina
Obsahem této práce je teoretické a praktické studium genetické diverzity mrkve obecné. Cílem byla analýza polymorfismu DNA Daucus carota L. pomocí metod molekulární biologie na bázi izolace DNA, PCR a elektroforetická separace. Celkem bylo analyzováno 20 vzorků mrkve s využitím 10 mikrosatelitních markerů. Bylo detekováno celkem 50 alel s průměrem pěti alel na lokus a velikostí alel mezi 180 a 380 bp. Dále byly vypočítány statistické parametry DI, PI a PIC, které potvrdily vysokou míru polymorfismu použitých SSR markerů. Byl sestaven dendrogram, který poukázal na vztahy mezi jednotlivými odrůdami mrkve. Výsledky byly porovnány s odbornými publikacemi, zabývajícími se stejnou, nebo velmi podobnou problematikou.
|
|
| |
|
|
Migrace v africkém sahelu pohledem genetické diverzity kontrolního úseku mitochondriální DNA
Adámková, Kristýna ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent)
Subsaharská Afrika je oblast s nejvyšší diverzitou anatomicky moderního člověka (AMČ). S využitím genetické analýzy převážně uniparentálních lokusů dokážeme postupně odkrývat migrační aktivitu člověka v minulosti. Tato práce se soustřeďuje na africký sahel. Jedná se o dlouhé, horizontálně probíhající pásmo ohraničené saharskou pouští a tropickými deštnými lesy v šířce celého kontinentu. Příznivé environmentální podmínky a chybějící geografická bariéra je vhodná nejen pro mobilní pastevce, ale i usedlé zemědělce. Tyto předpoklady vytváří v oblasti vysokou migrační aktivitu. V této práci jsem nově sekvenovala 474 vzorků mitochondriální DNA 11 populací. Populace pastevců a zemědělců pokrývaly celý sahelský pás. Intrapopulační analýza hodnotila diverzitu v rámci populace a ukázala na obecně nízké hodnoty u pasteveckých populací, zejména u pasteveckých Fulbů na západě sahelu. Interpopulační analýza odkryla větší rozdíly mezi jednotlivými populacemi než mezi populacemi sdruženými do subsistenční skupiny pastevců nebo zemědělců, v rámci regionů nebo jazyků. Práce zahrnovala populace s afroasijskou, nigerokonžskou a nilosaharskou jazykovou rodinou. Díky programu Migrate-n jsem v této práci mohla potvrdit dříve publikovanou hypotézu, že sahel funguje jako migrační koridor, a že tok genů je mezi východním a...
|
|
|
Evolution of the genus Arabidopsis in its centre of diversity
Šrámková, Gabriela
Předpokladem pro řešení obecných otázek týkajících se vývoje vnitrodruhové variability v prostoru a čase je znalost rozložení variability v rámci areálu druhu. Velkým krokem kupředu byl rozvoj molekulárních metod, které umožnily řešení různých evolučních otázek za využití přirozených populací modelových druhů a jejich blízkých příbuzných. Ačkoli jsou volně žijící příbuzní Arabidopsis thaliana v centru pozornosti rostlinných evolučních biologů a molekulárních genetiků již dlouhou dobu, rozložení jejich genetické diverzity a fenotypové variability v přirozených populacích jsou často přehlíženy. Předkládaná práce se zaměřuje na jedny z nejstudovanějších modelových druhů v čeledi Brassicaceae, druh Arabidopsis halleri a druhový komplex A. arenosa, jejichž příslušníci jsou hojně využíváni pro studium ekologie, fyziologie a evoluce i molekulárních základů fytoremediace nebo paralelní adaptace. Cílem studie bylo zjistit vnitrodruhovou variabilitu na ploidní úrovni, odhalit fylogenetické vztahy a prostorové rozložení genetické diverzity v celém areálu výskytu a navrhnout nový taxonomický koncept založený na zjištěné vnitrodruhové variabilitě. Výsledků bylo dosaženo pomocí DNA průtokové cytometrie, několika molekulárních metod (AFLP, SSR, sekvenování cpDNA a single/low-copy genů, ddRADSeq, celogenomové...
|
|
|
Krasová polje východní Hercegoviny z perspektivy ryby rodu Telestes
Doulíková, Tereza ; Vukićová, Jasna (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Oblast Dinárského krasu na Balkáně patří mezi centra diverzity s vysokým počtem sladkovodních endemických ryb. Hlavním důvodem vysokého stupně endemismu jsou četné paleoklimatické a geologické události, které měly vliv na formování celé oblasti. Toky krasových poljí Dinárské oblasti tvoří specifický ekosystém, kterému se některé druhy ryb přizpůsobily. Polje bývají pravidelně zaplavována, což vede k aktivaci různých podzemních cest a propojení poljí. Tyto ryby tráví část roku v povrchových a část v podzemních vodách a mohou využívat podzemní toky k migraci. Cílem této diplomové práce je zhodnotit genetickou variabilitu dvou endemických druhů ryb rodu Telestes žijících v krasových poljích v oblasti východní Hercegoviny a zjistit přítomnost genového toku mezi jednotlivými populacemi důsledkem spojení podzemních toků. Pro tento účel byla izolována DNA 102 jedinců z pěti různých lokalit. Pro analýzy byl použit mitochondriální marker cytochrom b a 16 mikrosatelitů. Výsledky poukazují na velmi nízkou genetickou variabilitu mezi druhy a populacemi. Analýza mitochondriálního markeru neprokázala propojení populací jednotlivých druhů, s výjimkou možného propojení populace Telestes metohiensis z řeky Mušnica s populací z řeky Zalomka, které sdílely jeden haplotyp. Jednotlivé populace jsou pravděpodobně velmi...
|
|
|
Diverzita rodu Blastocystis (Stramenopiles) v plazech a členovcích
Lorencová, Markéta ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Jirků, Kateřina (oponent)
Rod Blastocystis si v současnosti získává pozornost mnoha vědců, zejména parazitologů. Zástupci tohoto rodu ztratili bičíky, ale, obdobně jako zástupci příbuzných skupin Opalinidae a Proteromonadidae, jsou anaerobní a žijí endobioticky ve střevním traktu mnoha živočichů. Vzhledem k snadnému přenosu se s tímto prvokem můžeme setkat i u lidí, u kterých bývá spojován se syndromem dráždivého tračníku. Předpokládá se, že tento organismus má u lidí vysoký patogenní potenciál. Ten je dnes stále předmětem diskuse. Rod Blastocystis je pozoruhodný svou extrémně bohatou genetickou diverzitou, která mnohdy komplikuje výzkum. Navíc pojetí této genetické bohatosti je dnes nejednotné a problematické. Genetická diverzita bývá studována zejména u zástupců parazitujících u homoiotermních obratlovců. Ty dnes můžeme rozdělit do celkem 17 odlišných genetických forem, tzv. subtypů. Zástupci tohoto rodu jsou schopni parazitovat i ve střevech studenokrevných obratlovců a bezobratlých živočichů. Tyto blastocysty stojí při studiu genetické diverzity rodu Blastocystis samostatně, některé z nich jako samostatné druhy. Celkově je jejich genetická diverzita velmi málo prozkoumaná. Tato práce si klade za cíl objasnit genetickou diverzitu rodu Blastocystis. Celkem bylo studováno 38 izolátů ze studenokrevných obratlovců a...
|
|
|
Ovlivnění genetické diverzity rákosových porostů strukturou říčních systémů
Fuxová, Gabriela ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kubátová, Barbora (oponent)
Řada rostlinných druhů je vázána na biotopy související s říčním prostředím nebo krajinou ovlivňovanou řekami. Říční systémy vytváří v ekosystémech významné lineární koridory a přímo nebo nepřímo ovlivňují rozšíření řady druhů v krajině. Nabízí se tak řada otázek ohledně šíření druhů v tomto prostředí. Jednou z možností, jak hledat odpovědi na tyto otázky, je využití molekulárních metod. Pomocí 10 mikrosatelitových jaderných primerů byla provedena analýza 202 vzorků rákosu obecného ze 60 populací České republiky. Tato analýza umožnila odhalit příbuzenské vztahy mezi jedinci, získat informace o prostorovém rozložení populací a šíření rákosu obecného. Phragmites australis tvoří jak monoklonální populace, tak populace tvořené z několika klonů. Byla odhalena závislost míry klonality na prostředí, ve kterém se populace nachází. Populace rostoucí na březích řek byly spíše monoklonální, rybniční polyklonální. Jednotlivé populace vykazují vysoký stupeň izolovanosti. Nejvyšší procento variability bylo vysvětleno na mezipopulační úrovni, což je běžné u druhů lehce šiřitelných větrem. Dochází ke komunikaci mezi populacemi, ve větší míře na krátké vzdálenosti. Mezi populacemi byl nalezen důkaz vegetativního šíření na krátké vzdálenosti, mnohem častěji ale dochází ke generativnímu šíření. K šíření na velké vzdálenosti...
|
|
|
Genetické vazby v okolí Rudého moře hodnocené pomocí mtDNA
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Rídl, Jakub (oponent)
Okolí Rudého moře je jedním z důležitých regionů, které nám umožňují poodkrýt stopy evoluce anatomicky moderního člověka. Kromě otázek souvisejících s jeho šířením z Afriky je tato oblast významná i z hlediska vzájemného vlivu afrických a arabských populací, které se po delším období vzájemné izolace a genetické diferenciace související s klimatickými změnami v pleistocénu a následným rozvojem námořních i pozemních tras v holocénu začaly dostávat do stále častějšího kontaktu. Ačkoliv byla v rámci této oblasti provedena již řada archeogenetických analýz, některé otázky týkající se pozdějšího vývoje zůstávají dosud nedostatečně zodpovězené, především z důvodu nedostatečného materiálového zastoupení. Tato práce je zaměřena na analýzu 200 sekvencí mtDNA čtyř súdánských populací - dvou populací kočovných pastevců Rašajda a Bedža žijící v těsném sousedství v okolí města Kassala a hovořící odlišnými jazyky a dvou populací z údolí Nilu žijící usedlým způsobem života. Prostřednictvím intrapopulační analýzy byla zjištěna mnohem vyšší diverzita u usedlých populací (v této práci jsou reprezentovány Núbijci a Araby). Při hodnocení interpopulační variability a genetických vzdáleností v rámci dalších 46 populací z oblasti Rudého moře bylo dále zjištěno, že ačkoliv žijí Rašajdové a Bedžové v současné době v těsném...
|
|
|
Evolution of the genus Arabidopsis in its centre of diversity
Šrámková, Gabriela ; Marhold, Karol (vedoucí práce) ; Greimler, Josef (oponent) ; Mártonfi, Pavol (oponent)
Předpokladem pro řešení obecných otázek týkajících se vývoje vnitrodruhové variability v prostoru a čase je znalost rozložení variability v rámci areálu druhu. Velkým krokem kupředu byl rozvoj molekulárních metod, které umožnily řešení různých evolučních otázek za využití přirozených populací modelových druhů a jejich blízkých příbuzných. Ačkoli jsou volně žijící příbuzní Arabidopsis thaliana v centru pozornosti rostlinných evolučních biologů a molekulárních genetiků již dlouhou dobu, rozložení jejich genetické diverzity a fenotypové variability v přirozených populacích jsou často přehlíženy. Předkládaná práce se zaměřuje na jedny z nejstudovanějších modelových druhů v čeledi Brassicaceae, druh Arabidopsis halleri a druhový komplex A. arenosa, jejichž příslušníci jsou hojně využíváni pro studium ekologie, fyziologie a evoluce i molekulárních základů fytoremediace nebo paralelní adaptace. Cílem studie bylo zjistit vnitrodruhovou variabilitu na ploidní úrovni, odhalit fylogenetické vztahy a prostorové rozložení genetické diverzity v celém areálu výskytu a navrhnout nový taxonomický koncept založený na zjištěné vnitrodruhové variabilitě. Výsledků bylo dosaženo pomocí DNA průtokové cytometrie, několika molekulárních metod (AFLP, SSR, sekvenování cpDNA a single/low-copy genů, ddRADSeq, celogenomové...
|
host ::
RSS.